El Municipio lleva el nombre de Florián en homenaje a la primera familia colonizadora de la región, representada en las personas como don EZEQUIEL FLORIAN y su primogénita doña ROMLIA FLORIAN MUÑOZ DE TELLEZ, quienes procedían de Jesús María y se constituyeron en los primeros propietarios de la inmensa zona.

Los primitivos pobladores de la región que se remonta a la época precolombina, fueron los indios Muiscas de la familia Chibcha, quienes fueron posteriormente desplazados por los indios Músicos.

Dentro de los Muzos se hallaban emparentados los indios Tisquizoque, bajo el mando del cacique del mismo nombre quienes fueron conquistados por MARTIN GALEANO y sus capitanes (1.539).

En todo el territorio del Municipio han sido hallado numerosos elementos arqueológicos y antropológicos de aquellos primitivos cementerios halados en las cavernas en la vereda del Opón, figuras de de oro encontradas en la vereda Tisquizoque.

Hacia 1910 existía la primera escuela localizada en el sitio el "manzano", entre 1915 y 1918 se fundo el actual caserío con el nombre de PUERTO DE FLORIAN, en honor a ROMELIA FLORIAN y su padre, posterior se seguiría llamando únicamente FLORIAN.